Notas sobre Artículo - Statistical Confidence Corridors for the analysis of brain imaging data.
Notas sobre el desarrollo del artículo de replicación y ampliación de Wang et al. (2019)
De momento lo que quiero hacer con este post es quitarme del artículo ciertas secciones y sub-secciones en las que solamente tengo apuntadas notas e ideas para antes de terminar el artículo. Hay bastantes cosas que tengo que pulir en SCCs (por llamarlo de una manera rápida) y aquí voy a hacer una enumeración de movidas de las que no me debo olvidar pre-publicar:
1-Limitations and Further Research
He encontrado una serie de artículos interesantes que apuntan hacia nuevas vías de investigación y también lo contrario, lo que parecen puntos insalvables que va a haber que sortear. Algunas de estas referencias deberían ser comentadas en esta sección aunque solo sea para poner en contexto lo que se ha hecho hasta la fecha y también para entender cómo se enmarca la metodología SCC dentro de la investigación presente y futura y su potencial repercusión.
Entre estas limitaciones y propuestas para futura investigación se encuentran:
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PET lacks standard measures and does not have a consensual treshold for diagnosis
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Given the connection between glucose metabolism and mitochondria, and the fact that mitochondrial DNA is maternally inherited in humans, it is here argued that altered bioenergetics may be an upstream event in those with a maternal history of late-onset AD link
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Concerns about stablished standardizations
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Costs: As of August 2008, Cancer Care Ontario reports that the current average incremental cost to perform a PET scan in the province is 1,000{1,200$ per scan. This includes the cost of the radiopharmaceutical and a stipend for the physician reading the scan.[75 Wiki].
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There are new promising venues for early diagnosis of AD by means of other diagnostic methods such as blood analysis detecting levels of phosphorylated Tau proteins. Thijssen EH et al. “Diagnostic value of plasma phosphorylated tau181 in Alzheimer’s disease and frontotemporal lobar degeneration”. Nature Medicine.
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Also new treatments such as: PI3K activation prevents AB42-induced synapse loss and favors insoluble amyloid deposit formation.
2-Notes for Article refinement:
- Add cross-refs between sections.
- Append Code for different sections or at least refer to the different folders in GitHub.
- Include MCI group in our comparisons (?).
- Debería citar también los paquetes de nifti.
- Crear una paleta de colores que sea la usada en Biomedicina en general.
- Add self-citation as a self-sustained positive feedback in MDD re/AD
- Keep an active voice and use the present tense
- Remove excesive ”it is”, ”the’s”, ”that’s”.
- Place adjectives before nouns
- Target regions include amygdala. Future research.
- Brodmann area 20 == temporal cortex? Regions highlighted in figure 1 are precise enough?
- Completar GitHub repository
- Cuidado con la cita del github repository, no he encontrado un estándar.
- Añadir detalles sobre los datos PET (especificaciones) y su procesamiento (por ejemplo el mean average scaling y otros parámetros utilizados en el pre-procesamiento)
3-Tabla Comparativa:
Ahora lo que toca es hacer una tabla comparativa con los turquoise plot de todas las comparaciones que tengo. La cuestión es cómo representarla de forma visual de una manera atractiva y sucinta. En el artículo de Wang et al. (2019) lo que hacen es dividir la imagen en 3 columnas y 5 filas, las 3 columnas son porque al usar MCI tienen tres comparativas que hacer: ADvsCN, ADvsMCI, CNvsMCI. Pero en mi caso solamente tenemos AD y CN por lo que por ahí no tiene sentido. Luego las 5 filas son para tener 1 de grupo entero y 4 de subset: ‘female’, ‘male’, <75, >75.
Yo lo que realmente tengo para mostrar en imagen ahora mismo sería:
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AD vs CN:
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- para grupo completo
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- para mujeres
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- para hombres
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- para menos de 75
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- para mas de 75
Ahora mismo lo que me planteo es cuál es la forma óptima de presentar los resultados gráficamente, que realmente es algo que me concierne bastante ya que creo que buena parte del poder del estudio reside en la forma de visualizar el tema. Creo que por duploicado (en dos Z’s estratégicas) la cosa ganaría bastante, y más que ganaría si utilizase también a los MCI.
De momento lo que hoy es a exponer los cambios según sexo y según edad.